Para el presente torneo se produjo un cambio fundamental, ya que no hubo etapa clasificatoria, dividiéndose en zonas de 19 equipos con un interzonal por fecha, la presencia directamente de una etapa final, de equipos de primera y del ascenso, sistema que favoprece a los equipos denomandos grandes en Infantiles, relegando por una temporada a los del ascenso que no jugarían por nada.
Se conformaron cuatro (4) Zonas de acuerdo al siguiente detalle:
Se juegó por el sistema de adición de puntos todos contra todos, en una sola rueda de partidos y por categoría.
Campeones se consideraró ganador del Torneo en cada una de las categorías que se disputaron, al equipo que al finalizar la Zona obtuvo mayor cantidad de puntos. En caso de empate en el primer puesto, se definió por la aplicación del Art. 111° del Reglamento General.
Interzonales Se jugaron partidos interzonales todas las fechas, por categoría, de acuerdo al siguiente detalle: Zona 1 con Zona 3 y Zona 2 con Zona 4, generalmente fueron los clásicos, a San Telmo le tocó con Dock Sud .
COPA DE CAMPEONES DR. JUAN JESÚS PÉREZ 2016
Se disputóá por categorías de la siguiente manera: Semifinales: El ganador de la Zona 1 enfrentó al ganador de la Zona 3, y el ganador de la Zona 2 jugó con el ganador de la Zona 4. Esta instancia se disputó a un solo partido, en cancha neutral. En caso de empate al término de los partidos, se ejecutabán tiros desde el punto penal. Final: Los dos ganadores de las Semifinales se enfrentaron a un solo partido, en cancha neutral. En caso de empate al término del partido, se ejecutaban tiros desde el punto penal. El ganador será proclamado campeón de la Copa de Campeones 2016.
En esta temporada y como venía sucediendo Sergio Chiqui Arias continuó siendo el coordinador del fútbol infantil y a su vez técnico de la categoría mayor, en este caso la 2003, la 2004 y 2005, haciendo su primera experiencia en el club, esta a cargo de Martín Cicotello