Una nueva reestructuración concretada en AFA por Alberto J. Armando y Antonio Liberti, hizo que aumentara el número de participantes en la máxima categoría del ascenso. Los descensos de Estudiantes de la Plata a la B, de Tigre y Central Córdoba a la C y de Barracas Central y el Deportivo Riestra a la D consumados todos ellos en 1963 se anularon.

Se ascendieron por decreto de Primera B a la A a Newell's Old Boys (previo abandono del juicio iniciado por esta institución a la AFA por privarlo del ascenso en 1961), de la C a la B, además del campeón Villa Dálmine, se agregaron, All Boys, Almagro, Colón, Arg. de Quilmes, El Porvenir, Talleres Excursionistas y Defensores de Belgrano. Mientras que de la D a la C, ascendieron, Brown, Comunicaciones, Estudiantes, Fenix, J. J. Urquiza, Porteño, Sacachispas y Sportivo Palermo, respetánsose el ascenso logrado por Luján.

Lejos de la clasificación (seis lograban el pase a la ronda por el ascenso) San Telmo terminó en el 10º puesto, debiendo disputar la Copa de Honor donde due segundo.

Equipo: se mantuvo la base del equipo quedando, Pozzi, Michelena, Gómez, Vanoni, Ruggieri y Poggi, incorporándose Juan Carlos Montes, Monteleone y Jorge Olmedo entre otros. Se desvincularon Andretta, Collazo, Frágola y Cerdeyra.

Torneo: participaron 24 equipos jugando todos contra todos en dos zonas, local y visitante, clasificándose los seis primeros de cada una de ellas logrando el campeonato Lanús que ascendió a Primera junto a Platense que tuvo que desempatar la segunda colocación frente a All Boys, Dep. Español, Nueva Chicago y Almagro. Los seis equipos de cada zona que no lograron clasificar disputaron la Copa de Honor donde Los Andes y San Telmo por terminar primero y segundo respectivamente recibieron un premio económico.